Jeszcze przed zainstalowaniem systemu możecie utworzyć partycję w systemie plików FAT, która będzie niezależna od systemu, a na której możecie przetrzymywać np. pliki. Partycja taka będzie widziana przez wszystkie wersje systemu Windows (w przeciwieństwie do systemu plików NTFS). Aby utworzyć aktywną partycję DOS:

1. Włóżcie dyskietkę startową do napędu A: i uruchomcie komputer.
2. Wejdźcie do BIOS-u wciskając klawisz Delete podczas startu komputera.
3. Przejdźcie do sekcji Advanced BIOS Features i w First Boot Device ustawcie na Floppy (przyciskami Page Dn, Page Up lub Enter).
4. Wciśnijcie ESC i wybierzcie Save & Exit Setup.
5. Następnie wciśnijcie przycisk Y, aby potwierdzić wybór i Enter, aby wyjść z BIOS-u.
6. Po ponownym uruchomieniu komputera w DOS-ie zostanie wyświetlone menu wyboru, w którym wybierzcie Uruchom komputer z obsługą CD-ROM.
7. Po zakończeniu procesu pojawi się linia poleceń systemu DOS: A:/>. W niej wpiszcie D: (wirtualny dysk utworzony przez dyskietkę startową) i wciśnijcie Enter.
8. Następnie uruchomcie program FDISK poleceniem FDISK.EXE.
9. Wyświetlony zostanie komunikat Czy chcesz włączyć obsługę dużych dysków (T/N). Wybierzcie klawisz T i wciśnijcie Enter.
10. Następnie w menu programu FDISK wybierzcie pozycję Wyświetl informacje o partycjach (wciskając przycisk 4), aby upewnić się, że nie ma na Waszym dysku twardym aktywnej partycji.
11. W głównym menu programu FDISK wciśnijcie 1 Utwórz partycję DOS lub logiczny dysk DOS i Enter.
12. W kolejnym menu ponownie wciśnijcie klawisz 1 Utwórz podstawową partycję DOS i Enter.
13. Rozpocznie się sprawdzanie spójności dysku i program spyta, czy użyć całkowitej wielkości dysku. Jeśli chcecie część przestrzeni dysku przeznaczyć na dane w systemie FAT, a na reszcie dysku zainstalować system Windows w systemie plików NTFS, wciśnijcie klawisz N i Enter.
14. Teraz program ponownie rozpocznie sprawdzanie spójności dysku.
15. Po wykonaniu tej czynności, wprowadźcie wielkość partycji w MB lub jako procent wielkości dysku (%), aby utworzyć podstawową partycję DOS.
16. Po wciśnięciu klawisza Enter podstawowa partycja DOS zostanie utworzona.
17. Po wciśnięciu ESC z głównego menu wybierzcie Ustaw aktywną partycję 2 i Enter.
18. Na ekranie wprowadźcie numer partycji do uaktywnienia, a następnie wciśnijcie Enter.
19. Program wyświetli informację, że partycja została uaktywniona. Przyciśnijcie teraz trzykrotnie klawisz ESC i uruchomcie ponownie komputer wciskając kombinację klawiszy Ctrl Alt Delete. Dyskietkę startową pozostawcie w napędzie dyskietek.
20. Po uruchomieniu peceta z menu dyskietki startowej wybierzcie Uruchom komputer z obsługą CD-ROM.
21. Gdy pojawi się komenda A:/ wpiszcie C:.
22. Po przejściu na partycję C: sprawdźcie jej zawartość komendą DIR.
23. Jeśli wyświetlony zostanie komunikat: Nieprawidłowy typ nośnika, możecie rozpocząć formatowanie nowo utworzonej partycji. Aby wrócić do linii poleceń wciśnijcie klawisz Z. Wpisanie komendy DIR ma na celu upewnienie się, że sformatujecie prawidłowy nośnik. Sprawdzając dysk D: zobaczycie pliki z dyskietki startowej systemu Windows.
24. Gdy wrócicie do linii poleceń wydajcie polecenie Format C:.
25. Wyświetlony zostanie komunikat, że wszystkie dane na niewymienialnym dysku C: zostaną utracone. Zatwierdźcie go wciskając przycisk T i Enter. Rozpocznie się teraz proces formatowania. O stopniu zaawansowania możecie dowiedzieć się z ekranu, gdzie program na bieżąco informuje o procencie wykonanego formatowania.
26. Po ukończeniu formatowania partycji, możecie podać etykietę woluminu np. Dane lub wcisnąć Enter bez podania etykiety. Na tak przygotowanej partycji DOS możecie zainstalować system z rodziny Windows 98/ME jeśli chcecie mieć w swoim pececie dwa systemy operacyjne (np. Windows 98 i XP).